Tlaxcala recibió privilegios por parte de la Corona española a favor de la ayuda para llevar a cabo la conquista. La conversión religiosa fue impuesta por Cortés a los tlaxcaltecas Para los frailes la conversión fue complicada, pero pronto encontraron alternativas para llevarla a cabo “los frailes tuvieron la sensibilidad de dar cabida, en las manifestaciones religiosas indígenas, a todas las expresiones culturales nativas no directamente sospechosas de las instituciones traídas por los españoles, con el decidido propósito de adaptarlas a sus tradiciones e intereses.

Las epidemias que azotaron a la región, mermó en gran medida la población indígena, estas se presentaron durante toda la época novohispana, pues el nativo americano no poseía defensas biológicas en contra de las enfermedades traídas del viejo mundo.

La doctrina que recibió el pueblo de San Juan Huactzinco estuvo a cargo de frailes franciscanos, encontrándose sujeta, a la cabecera de Tlaxcala. Su economía básicamente estaba integrada por el cultivo de trigo y maíz. Aquí fue construido un templo franciscano que data del año 1670, donde se albergaba a San Juan Apóstol. La mano de obra indígena fue importante para erigir este templo.

La región desde muy temprano se ocupó por población española, al realizar compra y venta de tierras. En los títulos de la compra-venta encontramos que en el lugar se encontraban españoles que poseían propiedad donde se cultivaba maíz y trigo utilizándose el buey como técnica de trabajo agrícola. Uno de los privilegios que habían obtenido de la conquista hacia los tlaxcaltecas, era precisamente que éstos poseían sus tierras y no podían ser ocupadas por españoles, “privilegio” que no se cumplió.

Durante la etapa novohispana Tlaxcala se vio transformada en gran medida pues a principios del siglo XVIII la secularización se encontraba culminada respetándose así la organización interna de cada doctrina así como las fiestas religiosas.

Hacia finales del siglo XVIII la sociedad se encontraba integrada en su mayoría por indígenas, mientras tanto Puebla ejercía un fuerte control político en Tlaxcala, estas causas son consideradas importantes para llevar a cabo el movimiento libertario de 1810. “El papel que tuvo Tlaxcala durante la guerra de independencia ha sido muy poco investigado, y buena parte de los hechos que ahora se conocen pasaron por el tamiz interpretativo de la historiografía liberal del siglo pasado”.

Cierto es el descontento que mostraron las comunidades indígenas hacia el gobierno virreinal y el apoyo al movimiento de independencia, dándose de una manera individual. Durante la vida independiente los estragos causados por el movimiento se dejaron sentir principalmente en la agricultura. Las relaciones eclesiásticas y políticas se transformaron entrando así a un periodo de inestabilidad política-social-económica.

No demos dejar de lado, la situación que Tlaxcala vivía en esa época y el alto grado de unión que se tenía con los españoles, para poder comprender el porque no se participa abiertamente para conseguir la independencia de México.

Sin embargo, algunos valientes tlaxcaltecas se unen a las fuerzas insurgentes y otros fueron obligados a luchar al lado del ejército realista, pues estaban sumergidos en la servidumbre de los caciques españoles. Entre los ilustres hombres que se unieron a las fuerzas rebeldes encontramos a: J. Francisco Osorno, Miguel Serrano, Antonio Arroyo, Juan Cortés, Vicente Gómez, Antonio Guerrero, Antonio del Casal, Maximino Machorro, Mariano Pavón y Camilo Suárez.

Para 1820, se restablece la constitución española, se forman ayuntamientos y la provincia queda dividida en 7 partidos: Tlaxcala, Ixtacuixtla, Nativitas, Huamantla, Tetla, Tlaxco y Chiautempan. San Juan Huactzinco, era un pueblo que pertenecía a Tepeyanco que a su vez, se ubicaba en el partido de Nativitas.

La lucha armada se continúa y Tlaxcala mantendría la misma posición y es hasta 1821 cuando abre sus puertas a Nicolás Bravo, apoyando así a las fuerzas insurgentes. Poco tiempo después se consuma la independencia, con la entrada del Ejército Trigarante a la ciudad de México.

En los primeros años de vida independiente, Tlaxcala tendría que afrontar serias dificultades ante las pretensiones anexionistas del vecino estado de Puebla.

Entre los años de 1836 y 1840, el territorio es dividido en 3 partidos: Tlaxcala, Tlaxco y Huamantla. San Juan Huactzinco se ubica dentro del partido de Tlaxcala, con categoría de pueblo.

Hacia 1849, Puebla intenta una vez más anexar el territorio de Tlaxcala al suyo. Por lo que la diputación territorial de Tlaxcala, eleva una representación al Congreso General oponiendo a tal situación dando razones del porque no deseaban la conexión con Puebla. Varios ayuntamientos y pueblos hacen lo propio para que las intenciones del estado poblano no se llevasen a cabo. San Juan Huactzinco envía un documento que a continuación se transcribe por reflejar el sentir de este pueblo.

“Señor: el alcalde primero y vecinos del pueblo de San Juan Huactzinco, del territorio de Tlaxcala, ante V. Soberanía sumisamente decimos, que descansando en su benevolencia como encargada de la felicidad de los pueblos, y que siempre desea que las leyes sean acatadas para la consolidación de la paz, confiadamente ocurrimos a V. Soberanía, suplicándole y pidiéndole el pronto despacho de la ley orgánica de que tanto necesita el Territorio a que afortunadamente pertenecemos; ley que hace días ansiamos por ella, pues por falta aún no vemos los adelantos que debe tener, puesto que los elementos en que abunda le proporcionan no sólo la conservación del Territorio, sino aún la erección del Estado, según que así se declaró en la acta constitutiva.

Tlaxcala, señor, sin embargo de las desgraciadas épocas en que se ha sucedido la nación, observa aumento en su población y recursos suficientes para gobernarse por si, mal que pese a los enemigos del país, que sin motivo desean borrar su nombre. Permita V. Soberanía, que en desahogo de un justo resentimiento, digamos al gobierno de Puebla que tanto interés tiene en la agregación del Territorio, que si aquella ciudad se formó del proyecto que en ensueño tuviera (según dice) el primer obispo de Tlaxcala R. Dr. D. Fr. Julián Garcés, aún cuando sus autoridades hayan soñado también varias veces hacerse dueños de nuestro Territorio, como lo son del terreno en que existe su capital y que perteneció a nosotros en la antigüedad, no lo conseguirán, pues estamos dispuestos a disputárselo palmo a palmo en defensa del derecho que nos asiste.- Los tlaxcaltecas, señor, ya en razón del censo de su población, que es de cien mil habitantes, y ya en la de los servicios que tienen prestados a la libertad e independencia, parece son dignos, de alta consideración de V. Soberanía, tanto más si se atiende a que han sido los primero republicanos, de cuya raza descendieron sus mayores que lo fueron, quienes en los siglos que llamaron de barbarie, supieron gobernarse bajo ese sistema que asemejaba mucho al que felizmente nos rige; sistema que por sostenerlo, así como su libertad, hicieron sacrificios, despreciando la sal con que Moctezuma les brindara para subyugarlos y sujetarlos a su dominio. Y ¿será posible que en el presente siglo, que la es el de las luces, se consienta una esclavitud como la que pretende? No desde luego, porque los tlaxcaltecas saben regir sus destinos, y aprecian en mucho su libertad, igual a los estados que la disfrutan para su engrandecimiento bajo la égida de la ley; impetrando por lo mismo de V. Soberanía se digne dar lo que este Territorio necesita, tal cual la tiene presentada a esa augusta Cámara la comisión del Distrito y Territorios, recibiendo con esto justicia y gracia y V. Soberanía el reconocimiento eterno, aún de la posteridad por tan benigna disposición.

Huactzinco, abril 12 de 1849.- señor.- José María Motolinia.- José Alejandro Pintor.- Juan Bautista Pérez.- Bonifacio Montealegre.- José María Guerrero.- Marcos Dimas Ibarra.-Juan María Ibarra.- Francisco Ibarra.- Diego Martín Guzmán.- Nicolás Ambrosio Guzmán.- José Jacinto Xoxocotzin.- Zeferino Motolinia.- José Dolores Guzmán.- José de la Luz Guzmán.- José Crescencio Ocotzin.”

En la presentación de este documento se manifiesta el descontento de la anexión de su territorio a Puebla, y es donde el pueblo de San Juan Huactzinco mostró su apoyo y oposición a dicha anexión.

Tras haber sido reconocida Tlaxcala como territorio con capacidad de gobernarse en 1856, es aceptada como Estado Libre y Soberano, da paso a una decisión importante, pues se crea la Ley Orgánica del Poder Municipal, que expidió Lira y Ortega en 1868, conformándose así la organización y autonomía de los municipios. “No es de extrañar que fuera en Tlaxcala donde surgieran tales principios en torno a la soberanía de los municipios, ya que éstos tenían su origen en los antiguos pueblos-cabecera de indios y su fuente de inspiración se hallaba en el cabildo indio de la ciudad de Tlaxcala además de que ambas entidades habían sido el reducto de la nobleza tlaxcalteca y de sus privilegios autonómicas, salvaguardados por la corona durante el periodo virreinal”.13 San Juan Huactzinco había pertenecido al municipio de Tepeyanco desde 1822, se había creado como municipio, pero con la Ley Orgánica del Poder Municipal se obtuvo mucho mayor autonomía.

Uno de los grandes problemas que se venían dando desde épocas muy remotas era la propiedad de la tierra que se encontraba en manos de unos cuantos a pesar de la desamortización de la tierra beneficiando a las capas ricas de los pueblos generando una polarización al interior de las comunidades, como es señalado por el historiador Rendón Garcini.

En el año de 1858, da inicio la Guerra de Reforma, conocida también como la Guerra de 3 años, la reorganización que se venía dando en el estado tuvo que ser interrumpida a causa de esta lucha armada.

Pero, gracias al tratado de la Soledad, Inglaterra y España deciden retirarse, en cambio Francia, busca instaurar en el país una monarquía apoyados por el grupo de conservadores mexicanos. Es así como conviven en el país dos tipos de gobierno el republicano al mando de Benito Juárez y el monárquico, con Maximiliano de Habsburgo a la cabeza.

Durante la época del imperio, el país se dividió en 50 departamentos. Tlaxcala se integra por 3 distritos que a su vez se componen de 27 municipalidades. San Juan Huactzinco es un pueblo que pertenece a la municipalidad de Tepeyanco, que está adscrita al distrito de Tlaxcala.

La guerra de intervención francesa sigue su curso, y al creer que Maximiliano había consolidado su imperio, deciden retirar sus tropas de México, pero la realidad era muy diferente, por lo que Maximiliano es hecho prisionero y muere el 19 de junio de 1867; es así como se da por terminada la fase imperialista en el país.

Las condiciones de vida que imperaban en el país a principios de siglos, venía provocando una serie de inconformidades en la población, al igual que en Tlaxcala que no les dejaban otro camino que el de las armas. Durante este periodo, se forman clubes reeleccionistas y antirreeleccionistas en todo el estado. En San Juan Huactzinco se forma el 22 de mayo de 1910 una asociación política antirreeleccionista denominado Club Xicohténcatl. La mesa directiva estaba integrada por José de Jesús Elia y Abundio Caballero como presidente y secretario respectivamente.

El movimiento revolucionario se mostró muy apoyado por toda la región tlaxcalteca especialmente por aquellos pueblos donde predominaba la población indígena, ubicados en el centro-sur y suroeste.

Se destaca la participación de Sebastián Robles, Salvador García y Luciano Aguila Cote, quienes combatieron en la división del oriente a lado del caudillo revolucionario tlaxcalteca Domingo Arenas, estos personajes son originarios del pueblo de San Juan Huactzinco. El objetivo principal de la revolución arenista radica en el apoyo que aportó a la Soberana Convención Revolucionaria de manera regional así como la búsqueda del reparto de tierras, como es señalado por el historiador Mario Ramírez Rancaño.

Hacia 1914, ya dada la división de facciones se sucedieron muchos enfrentamientos violentos, como los sucedidos en San Marcos Contla, donde varios hombres del bando del constitucionalismo pierden la vida pero logran impedir que los revolucionarios acuartelados en Aquiahuac, Zacualpan y Huactzinco, no pudieran avanzar sobre la estación de Zacatelco.

La organización social del pueblo se encontraba integrado por barrios de los cuales llevaban por nombre los apellidos de quienes habitaban en las secciones, por ejemplo, Hernandeztla y Zamorastla.

En 1918 la población se vio azotada por una epidemia de gripe acabando con una gran parte de la población, a causa de la carencia de médicos que proporcionaran la atención necesaria. A raíz de esta epidemia se estableció un vínculo con el pueblo de Santo Toribio Xicohtzinco, pues Leandro Guzmán originario de Huactzinco, tenía una estrecha amistad con la familia Barbosa de Xicohtzinco, éstos conservaban una imagen de “preciosa sangre de Cristo” la cual fue prestada al Huactzinco para salvar a la población de la muerte a causa de la epidemia. Cuentan los nativos del lugar que la epidemia desapareció inmediatamente.